食品质量管理师证书是由国家认可的职业技能鉴定机构或行业协会颁发的，在中国，这个职责主要由人力资源和社会保障部（简称“人社部”）及其授权的职业技能鉴定指导中心承担。
食品质量管理师是一个专业性极强的职业，涉及到食品安全、质量控制、生产管理等多个领域，因此对其资质的认定和证书的发放必须严谨且权威，中国的人社部作为主管全国人力资源和社会保障工作的国务院组成部门，对各类职业技能的培训、考核、鉴定有明确的规定和管理机制。
具体流程通常是：学员在经过专业的食品质量管理培训后，通过统一组织的专业知识和实操技能考试，成绩合格者将获得由人社部授权的职业技能鉴定机构颁发的食品质量管理师证书，这个证书是证明持证人具备相应专业知识和技能的重要凭证，也是其在食品行业就业、晋升的重要依据。
一些行业协会如中国食品科学技术学会等也会根据行业需求，联合相关教育培训机构，提供食品质量管理师的培训与认证服务，这些协会颁发的证书虽然不是法定的职业资格证书，但因其专业性和行业影响力，也被广泛认可。
食品质量管理师证书的发放部门主要是国家层面的人力资源和社会保障部以及相关的行业协会，它们共同构建了我国食品质量管理人才评价体系，为提升我国食品行业的整体质量管理水平提供了有力支持。
