职业经理人证书的颁发机构通常取决于国家或地区的具体规定，在中国，职业经理人证书主要由人力资源和社会保障部（原劳动和社会保障部）授权的职业技能鉴定指导中心或者相关的行业协会来颁发。
中国的职业经理人认证体系是依据《中华人民共和国职业教育法》和《职业技能鉴定规定》设立的，人力资源和社会保障部作为国家的就业和人力资源开发的主要管理部门，负责制定相关政策，指导全国的职业技能鉴定工作，并对职业技能鉴定机构进行监督和管理，其下设的职业技能鉴定指导中心则负责具体的实施工作，包括组织考试、评定成绩以及颁发证书等。
一些行业协会也会在政府的批准和支持下，开展职业经理人的专业资格认证，中国企业联合会、中国企业家协会等行业协会，他们根据行业特点和企业需求，设置相应的评价标准和考核机制，为达到标准的企业管理者颁发职业经理人证书。
需要注意的是，随着市场的发展和改革的深入，一些国际认可的职业经理人认证如美国注册管理会计师（CMA）、英国特许管理学会（CMI）的CMgr等也在中国得到了广泛应用，这些证书通常由对应的国际专业机构直接颁发。
职业经理人证书的颁发部门多元化，既有政府部门，也有行业协会，还有国际专业机构，这反映了我国职业经理人培养和评价体系的开放性和国际化趋势，无论哪种形式的证书，都是为了提升企业管理者的专业素养，推动企业持续健康发展。
