自闭症疗育师证书的颁发机构因国家和地区而异，在全球范围内，对自闭症疗育师的专业认证和培训是由多个专业组织进行的。
在美国，知名的自闭症专业认证包括应用行为分析（Applied Behavior Analysis, ABA）认证，ABA认证主要由美国行为分析协会（Behavior Analyst Certification Board, BACB）负责颁发，这个机构是全球最权威的行为分析师认证机构，其颁发的BCBA（Board Certified Behavior Analyst）和BCaBA（Board Certified Assistant Behavior Analyst）证书被广泛认可。
在英国，自闭症疗育师可能获得的是Autism Practitioner Certification，这是由Autism Education Trust提供的认证，该机构是英国最大的专注于自闭症教育的慈善组织之一。
在中国，对于自闭症疗育师的培训和认证，目前有中国残疾人联合会、中国精神疾病预防控制中心等机构提供相关课程，并在完成课程并通过考核后颁发相应的证书，也有国际认证如美国BACB的认证在中国设有考点，供专业人士获取国际认可的资格。
值得注意的是，虽然不同地区和机构颁发的证书可能会有所不同，但这些认证都代表了持证人在自闭症干预和疗育领域的专业知识和技能达到了一定的标准，选择接受哪个机构的培训和考取哪种证书，往往取决于个人的职业规划、工作地点以及当地法规的要求，无论哪一种，都是为了提升疗育服务质量，更好地服务于自闭症儿童及其家庭。
