在中国，农艺师证书的颁发主要由人力资源和社会保障部（原劳动和社会保障部）以及农业部（现农业农村部）共同管理，具体来说，职业技能鉴定工作是由各级人力资源和社会保障部门负责，而专业领域的技术等级认证则由行业主管部门如农业农村部进行指导和监督。
人力资源和社会保障部是中国的国家就业和职业培训管理部门，它制定并实施了全国统一的职业技能鉴定政策和标准，包括对农艺师这一职业的技术等级划分、考核内容和评价体系等，通过其设立的各类职业技能鉴定机构，对申请者进行理论知识和实际操作能力的考核，合格后颁发相应级别的农艺师职业资格证书。
农业农村部作为我国农业行业的主管机构，它在农艺师的专业素质和技术水平上有着深入的理解和丰富的资源，尽管现在职业技能鉴定工作主要由人社部门负责，但农业农村部仍会在专业技能认定、行业规范、技术更新等方面提供支持和指导，确保农艺师证书的权威性和专业性。
农艺师证书的含金量并不在于是哪个部门单独颁发，而是取决于其背后的政策依据、执行标准以及社会认可度，这两个部门的合作保证了农艺师证书的公正性和实用性，对于提升农艺人员的专业素养，推动我国农业科技进步，促进现代农业发展起到了积极的作用，无论哪个部门颁发的农艺师证书，只要是在官方渠道获得，并且符合国家规定，都是具有同等效力和价值的。
