新媒体运营师证书是由多个权威机构和部门颁发的，在中国，主要由人力资源和社会保障部（简称“人社部”）以及中国就业培训技术指导中心（简称“CETTIC”）进行认证和颁发。
人力资源和社会保障部是中国政府主管全国人力资源和社会保障工作的国务院组成部门，负责制定并实施国家的人力资源和社会保障政策，其下设的职业技能鉴定中心，负责对各类职业技能进行标准化的评价与认定，其中包括新媒体运营师这一职业资格的认定，获得由人社部颁发的新媒体运营师证书，代表了持证人在新媒体运营领域的专业能力和技术水平得到了国家层面的认可。
中国就业培训技术指导中心则是经中央编办批准设立，由人力资源和社会保障部领导的事业单位，主要承担着全国就业培训的技术指导、服务和管理工作，CETTIC作为其重要组成部分，开展了一系列的职业技能等级认定工作，包括新媒体运营师的资格认证，通过CETTIC认证考试，也能获取新媒体运营师的专业证书。
还有一些行业协会或专业的教育培训机构也会提供新媒体运营的相关课程和证书，如中国互联网协会、阿里巴巴等知名企业的官方培训认证等，这些证书虽然非政府部门直接颁发，但因其行业影响力和实际应用价值，也受到业界广泛认可。
新媒体运营师证书的颁发主体多样，既有政府相关部门，也有行业组织和企业，每种证书都有其独特性和针对性，选择哪种证书，应根据个人的职业规划和发展需求来决定，无论哪一种，都旨在提升从业者在新媒体运营领域的专业素养，推动整个行业的健康发展。
