家庭教育指导师证书的颁发机构主要是由国家认可的职业技能鉴定机构或者教育部门授权的专业培训机构来实施，在中国，这个角色主要由人力资源和社会保障部（原劳动和社会保障部）以及教育部下属的相关机构承担。
人力资源和社会保障部是负责中国职业资格证书制度的主要政府部门，它通过设立职业技能鉴定指导中心，对各类职业技能进行标准化、规范化管理，并颁发相应的资格证书，包括家庭教育指导师证书，该证书在全国范围内具有权威性和合法性，能够证明持证人在家庭教育领域的专业能力和水平。
教育部及所属的教育科学研究院、教育发展研究中心等研究机构，也会参与到家庭教育指导师的培训和认证工作中，他们通常会结合最新的教育理论和实践，制定出科学的家庭教育指导课程体系，为学员提供专业的培训，并在学员完成规定的学习内容并通过考核后，颁发相应的证书。
一些得到官方认可的社会组织和专业教育机构，如中国家庭教育学会、中国关心下一代工作委员会等，也在家庭教育指导师的培养与认证上发挥着重要作用，他们往往会根据自身的专业优势，推出特色化的家庭教育指导师培训项目，并在学员通过其严格的考核后，颁发相关的专业证书。
家庭教育指导师证书的颁发机构多元且权威，确保了家庭教育指导服务的专业性和规范性，也为广大家长提供了可靠的选择依据，以提升家庭教育的质量和效果。
