家庭教育指导师证书的颁发部门主要来自于国家认可的职业技能鉴定机构和教育相关部门，在中国，这个角色主要由人力资源和社会保障部（简称“人社部”）以及教育部承担。
从职业技能认定的角度来看，根据《中华人民共和国职业教育法》的规定，国家实行职业资格证书制度，对规定的职业进行分类，并由国务院劳动行政部门按照国家职业标准，制定职业技能鉴定规范，家庭教育指导师作为一种专业技能职业，其证书的发放通常是由各级人力资源和社会保障部门负责的，他们依据国家职业标准，组织职业技能鉴定考试，对通过考核的人员颁发相应等级的家庭教育指导师证书。
从教育专业的角度来看，教育部作为我国的教育主管机构，对于家庭教育的推广和指导也起到了关键作用，虽然直接颁发家庭教育指导师证书的责任并不完全在教育部，但他们会通过政策引导、课程设置、师资培训等方式，推动家庭教育的专业化发展，间接影响到家庭教育指导师证书的权威性和含金量。
家庭教育指导师证书的颁发是一个系统工程，涉及到国家层面的政策法规，职业技能鉴定体系的运行，以及教育部门的专业支持，这样的设置旨在确保家庭教育指导服务的专业性、科学性和有效性，为广大家长提供高质量的育儿指导，促进儿童的全面发展。
