食品质量管理师证书的发放是由权威的专业机构或政府部门进行的，在中国，食品质量管理师的认证通常由人力资源和社会保障部（原劳动和社会保障部）授权的职业技能鉴定指导中心或者行业协会来进行。
人力资源和社会保障部是中国政府负责就业、社会保障和人才队伍建设的重要部门，其下设的职业技能鉴定指导中心是开展职业技能鉴定工作的专门机构，他们依据国家职业标准，对申请人的专业知识、操作技能以及工作业绩等进行全面考核，合格者将获得由该部门颁发的食品质量管理师资格证书。
一些行业协会如中国食品工业协会、中国质量协会等也会在得到相关部门批准后，组织食品质量管理师的培训与考试，并发放相应的证书，这些协会作为行业自律组织，他们的认证往往更注重实际操作能力和行业经验，对于提升从业人员的专业素质和推动行业发展具有重要作用。
还有一些教育培训机构，如高等学府、职业学校等，在完成规定的课程学习并考试合格后，也会颁发食品质量管理师的培训证书，但这并不等同于官方的职业资格证书，其效力主要体现在证明学员已具备一定的理论知识和实践能力。
食品质量管理师证书的发放主体多元，但要确保证书的权威性和合法性，最好选择由政府认可的部门或有资质的行业协会颁发的证书，持续学习和实践，提升自身的专业素养，才是真正保证在食品质量管理领域中立足的关键。
