创业指导师证书的颁发机构通常由国家认可的职业技能鉴定机构或者教育培训机构来执行，在中国，这类证书主要由人力资源和社会保障部（简称“人社部”）及其授权的各级职业技能鉴定指导中心进行发放。
创业指导师作为一项专业技能，其认证体系的建立和实施是依据《中华人民共和国职业教育法》和《国家职业资格目录》等相关法律法规，在这一框架下，人社部作为我国职业教育和技能培训的主要管理部门，负责制定相关政策、标准，并对各类职业技能鉴定工作进行指导和监督。
各地的人社局或其下属的职业技能鉴定指导中心会根据国家规定，组织相关的培训课程和考试，对学员的专业知识、实践能力以及职业道德进行全面考核，通过考核的学员，将获得由该机构颁发的创业指导师证书，这代表了持证人在创业指导领域的专业能力和水平得到了官方的认可。
一些权威的行业协会或教育培训机构也会与政府部门合作，提供创业指导师的培训和认证服务，中国就业促进会等社会团体，或是知名的高等教育机构，他们经由政府授权，也能开展相关的职业技能培训和证书颁发。
创业指导师证书的颁发部门主要是国家层面的人力资源和社会保障部及地方的相关职业技能鉴定指导中心，部分具有资质的社会团体和教育机构也在这个领域发挥着重要作用，无论在哪种情况下，获取此类证书都需要通过系统的理论学习、实操训练，并通过严格的考核，以确保每一位创业指导师都能为创业者提供专业、有效的指导和支持。
