中医科学院作为中国最高学术机构和全国中医药科研、教育、医疗、预防、康复和保健的领导者，其发出的证书在卫生部门是具有一定认可度的，这并不意味着所有的中医科学院发的证书都能得到卫生部门的完全认可，在实际操作中，卫生部门会根据具体的证书内容、颁发机构的资质和声誉以及相关法律法规等多方面因素来综合评估一个证书的真实性和可信度。
中医科学院作为国家级的科研机构，其发证的权威性和专业性是有保障的，在中医药领域，中医科学院拥有丰富的研究经验和专业知识，其发证的过程也是经过严格的审核和认证的，从这个角度来看，中医科学院发的证书在卫生部门是有一定认可度的。
卫生部门对于中医科学院发的证书会进行定期的抽查和评估，这是为了确保证书的真实性和可信度，防止一些不法分子利用中医科学院的名义进行欺诈行为，通过抽查和评估，卫生部门可以及时发现问题，对存在问题的证书进行整改或者撤销，这样一来，卫生部门对于中医科学院发的证书的认可度就会更高。
尽管中医科学院发的证书在卫生部门是有一定认可度的，但这并不意味着所有的证书都能得到卫生部门的完全认可，以下几个方面可能会影响到证书在卫生部门的认可程度：
1、证书的内容和标准：如果证书的内容和标准不符合国家的相关法律法规或者行业规范，那么这个证书在卫生部门的认可度就会降低，如果一个针灸师培训课程的教材和教学内容与国家标准不符，那么这个证书在卫生部门的认可度就会受到质疑。
2、颁发机构的资质和声誉：如果颁发中医科学院证书的机构本身没有足够的资质和声誉，那么这个证书在卫生部门的认可度也会受到影响，一些地方性的中医科学院可能在国家层面上并没有很高的知名度和权威性，那么其发证的证书在卫生部门的认可度就会相对较低。
3、个人的实际能力和表现：虽然中医科学院发的证书在卫生部门是有一定认可度的，但最终还是要看个人的实际能力和表现，如果一个人虽然持有中医科学院发的证书，但在实际工作中表现不佳，那么这个证书在卫生部门的认可度也会受到影响。
4、社会舆论和公众评价：社会舆论和公众评价对于一个证书的认可度也有一定的影响，如果一个证书被认为存在严重的问题或者欺诈行为，那么即使它在卫生部门是有一定认可度的，也可能会被质疑其真实性和可信度。
虽然中医科学院发的证书在卫生部门是有一定认可度的，但这并不是绝对的，要想获得卫生部门的完全认可，还需要考虑证书的内容和标准、颁发机构的资质和声誉、个人的实际能力和表现以及社会舆论和公众评价等多方面因素，患者在选择中医医生时，也可以通过查询医生的执业资格、从业经历等信息来进行初步筛选，以确保自己的权益得到保障。
