1、国家卫生健康委员会（National Health Commission，简称NHC）：国家卫生健康委员会是中华人民共和国国务院组成部门，负责全国卫生健康工作的领导、管理和监督，该委员会下设的中医药管理局主要负责中医药事业的发展规划、政策法规的制定和实施，以及中医药人才的培养和管理，国家卫生健康委员会及其下属的中医药管理局是中医健康管理师证的主要发证机构。
2、省级卫生健康委员会（Provincial Health Commission）：各省、自治区、直辖市设有卫生健康委员会，负责本行政区域内的卫生健康工作，这些委员会通常设有中医药管理部门，负责本行政区域内中医药事业的发展和管理，省级卫生健康委员会及其下属的中医药管理部门也是中医健康管理师证的发证机构。
3、市、县级卫生健康局（City/County Health Bureau）：市、县两级设有卫生健康局，负责本行政区域内的卫生健康工作，这些局通常设有中医药管理部门，负责本行政区域内中医药事业的发展和管理，市、县级卫生健康局及其下属的中医药管理部门也是中医健康管理师证的发证机构。
4、中医药院校：中国有众多中医药院校，如北京中医药大学、上海中医药大学、南京中医药大学等，这些院校通常会设立中医药继续教育学院或中医药培训中心，负责中医药人才的培训和认证，中医药院校及其下属的继续教育学院或培训中心也是中医健康管理师证的发证机构。
5、中医药行业协会：中国有多个中医药行业协会，如中国中医药学会、中国中西医结合学会等，这些协会通常会设立中医药职业资格考试委员会，负责中医药职业资格考试的组织和认证，中医药行业协会及其下属的职业资格考试委员会也是中医健康管理师证的发证机构。
6、中医药企业：一些中医药企业也会开展中医健康管理师的培训和认证工作，如同仁堂、九芝堂等，这些企业通常会与国家卫生健康委员会、省级卫生健康委员会等部门合作，共同推动中医药人才的培养和发展，中医药企业也是中医健康管理师证的发证机构。
中医健康管理师证的发证机构主要包括国家卫生健康委员会及其下属的中医药管理局、省级卫生健康委员会及其下属的中医药管理部门、市、县级卫生健康局及其下属的中医药管理部门、中医药院校及其下属的继续教育学院或培训中心、中医药行业协会及其下属的职业资格考试委员会，以及中医药企业，这些部门和单位共同推动中医药人才的培养和发展，为社会提供专业的中医健康管理师服务。
